由　緒

創立年代について「建永元年（１２０６）に当地に入部した地頭本郷朝親が建保三年（１２１５）に江州国坂本の日吉大社の御分霊を奉遷し高田城近くの下薗の霊地に社殿を造営し創祀した」と。又『福井県神社誌』には「高田城主本郷治部少輔累代の氏神にして、貞應年代（１２２２～）以前の創建と伝う。」と。又『神社明細帳』には「貞和二年（１３４６）建立再建」などと記載されて諸説がある。文永二年（１２６５）の『大田文』に「本郷宮日吉宮社領一町四反」と記録されていることから当時社頭隆盛を極めたことが伺がわれる。天正十年（１５８２）に本郷氏退散に及ぶまで三百七十余年の間、高田城主本郷氏累代、本郷氏家臣や下薗邑人などの氏神として尊崇された。その後、慶長年中（１５９６～１６１４）に下薗村、上下村、市場村―本郷三ケ村の総氏神となった。若州社寺由緒記に文安元年（１４４４）に領主本郷政泰が社殿を造営と記し、寛文八年（１６６８）に本郷三ケ村の氏子で本殿造営。元禄五年（１６９２）に能舞台新築。文化元年（１８０４）に本殿造営。天保十一年（１８４０）に能舞台兼拝殿改築などと記した棟札がある。寛政十一年（１７９９）に神祇官官領吉田吉連（よしつら）が揮毫した「正一位（神階位）」の神額が現存する。
なお、慶長年中から大飯神社を「上の宮」日枝神社を「下の宮」と尊称し両社に奉仕して来たが明治新政以来日枝神社を本郷の氏神と奉祀している。昭和四十年に御鎮座七百五十年式年大祭を斎行し記念碑を建立した。昭和五十二年に神楽殿を改築。平成二年には御鎮座七百七十五年祭・皇紀二千六百五十年祭・今上陛下御大礼奉祝祭を併せ斎行し、記念事業として、玉垣や石標（御大典記念）を建立するなど社頭の整備が進められた。