由　緒

往昔、当地方に居住の先人が渡海族の祖神「綿津海三柱命」を祭祀したのを始めとし、上古、霊峰青葉山を領（うしは）き坐す伊弉諾、伊弉冉２柱を国家鎮護の霊神と仰ぎ、山麓に社殿を築いて創祀すると共に、有縁（ゆかり）の神々１３柱を勧請して相殿に奉祀した。
『延喜式神名帳』に記載の「伊射奈伎神社」の論社とも言われ、『若狭国神名帳』に所載の古社である。文永二年（１１６５）の「大田文」に社領神田２反とあり、又、松尾寺の参道にもあたり、多くの参詣者がある。平安時代に花山院が聖駕を駐められ、社前に欅を御手植されたと伝えられる当地随一の霊社である。
金剱山鎮座の金剱明神は、養老３年（７１９）に泰澄大師の創立という。建久年間（１９０～９９）に故あって金剱明神を伊弉諾神社に合祀して、「金剱宮」とのみ尊称した。然し、明治１１年に社号を伊弉諾神社に復し、金剱神社は、境内社として祭祀した。かくて、創祀の真姿に復帰して神威全きを得た。
明治４４年に氏子区内の４社を合祀した。大正元年８月２６日に神饌幣帛料供進の神社に指定された。
大正４年に本殿を修復、拝殿を新築。昭和３年に大大典記念事業に玉垣を建立。神楽殿、参集所、宮守舎等を整え、同６３年に昭和天皇御在位６０年を記念して、神饌所兼直会所を改築し社頭一新。崇敬の念いよいよ篤い。
中古地神社（当社の元境外社）が、以前に鎮座された中古山麓で、昭和４６年３月に赤土を採取していた処、弥生後期の石剣と石矛が、ほぼ完全な形で、且つ、両者一組で出土した。これは、当地方の古代史に大きな意味と価値をもつものである。昭和５１年４月に国の文化財に指定された。